This is what I understand:
(real meaning on parentesis)
?word that I am unsure on double question marks??

---y fue su Tio hermano de su sexta abuela Doña Maria si el famoso y memorable Capitan Miguel Caldera, quien por los años de mil quienientos ochenta y dos fue a pasificar a los Yndios de San Luis Miguel Mezquitic, y San Diego Atotonilco, descubrio la mina de San Pedro Potosi, paso de alli al Nayarit, de cuya sierra vajo muchos Yndios que poblo en Huaxuquilla la Alta en San Andres, y en Mezquitic, en donde por el Sr Birrey de nueva España fue ALcalde Mayor: quel año de ochonta y nueve el Sr. Virrey Don Manrrique de Acuña le hiso Capitan Alcalde Mayor de esta Villa y Corregidor de Taltenango, el de noventa y uno de San Luis llevo voluntarios a los Capitanes Yndios de aquellas Naciones a Mexico, quienes dieron a su soberano la obediencia, en manos del sr. Virrey don Luis Velasco segundo deeste nombre, y a su regreso trajo cuatrocientas familias de Tlacaltecos que se repartieron en las poblasiones de Yndios de estas partes para que como Cristianos les enseñaran la doctrina y pocicia (policy) y el año de mil seisientos dies y seis, dio socorro al capitan Don Bartolome Arivava??, para el alcanse de los Yndios Tepecanos que derrotados huian, de la memorable Guerra de Cacaria, con cuyo echo fue el triunfo completo de la victoria, apresando a los fugitivos apostatas y Barbaros, en lo intricado y crespa de la sierra de Nayarit, toda la que a visto en cronicas, historias del Reyno, escrituras, pleitos juridicos, y papeles de la casa de los Calderas. Y responde anadiendo (añadiendo) que son originarios de la Villa assi Joseph Tomas Cristoval Villegas, sus Padres y Abuelos por ser una ya la?? linea, asepcion como tiene dho de Dn. Antonio Cayetano Villegas.

2-A la segunda pregunta dixo le consta que Dn. Antonio Villegas y Da. Barbara Cabral son casados segun orden de Nra. Santa Madre Yglesia y que entre otros hijos tuvieronal dho. Jph. Tomas Cristoval Villegas aquien an criado educado y alimentado dandole el nombre de hijo y el lo da el de Padres, y responde

3-A la tercia pregunta dixo: quel sitado Joseph Tomas Cristoval Villegas, sus Padres, y Padres deestos, y sus pasados de donde vienen i desienden son Christianos biejos Españoles de nobles y claros linages, que no vienen ni desienden de castas d moros mulatos Herejes o Judios, ni de los nuevamente convertidos, ni penitenciados por el santo oficio de la Ynquisision, que no tienen ninguna mala raza ni nota, y en tal pocesion es tan sincera en contrario y responde.

A la cuarta pregunta dixo que el Nino??(niño maybe?) Jph Tomas Cristoval Villegas, es de buena vida y costumbres, y noble para obtener cualquier empleo de Orden Eco. (eclesiastico) o ministerio Real y responde

A la quinta pregunta dixo que todo lo dicho arriva es publico y no torsio?? publica voz y fama i la verdad para su Juramento en que afirmo y ratifico leida que le fue su declaracion espreso ser de edad de setenta y tres, y no tocarle las generales de la ley, y lo firmo con su mxd. (majestad) doi fee. en mandado seis....

hope it helps a little.