Pues no sé si hay mucho que explicar, simplemente era algo muy común, y lo sigue siendo en algunos lugares. Pongo por ejemplo a los políticos españoles, que Zapatero en verdad se apellida Rodríguez Zapatero, pero generalmente se omite el primer apellido cuando es muy común o no sirve para realmente identificar a la persona. Si en la prensa dijeran "el Sr. Rodríguez", nadie sabría de cuál de todos los Rodríguez se está hablando, por lo cual se hace así por una razón más bien práctica. En algunas ciudades de México se sigue usando lo mismo, los apellidos patronímicos suelen omitirse socialmente, y a los Gómez Cebrián les llamamos los Cebrián, y así. A la hora que el párraco o el funcionario del pueblo los identificaba por escrito, este hábito salía a la luz, considerando que mientras se entendiera que se estaba hablando de la misma persona, daba los mismo como se identificara. Actualmente somos mucho más estrictos en éso, cosa que antes no lo eran, para nada.

Ahora bien, ésa no es siempre la constante a la hora de ver la evolución de los apellidos, pues en muchas ocasiones apellidos como Martín del Campo pasaron a simplemente Martín, o como muchos Ruiz de Velasco que derivaron en Ruiz, aunque otros en Ruiz-Velasco y finalmente otros en Velasco.

DDII